A Beneficência Nipo-Brasileira de São Paulo foi fundada em 28 de janeiro de 1959 por um grupo de 32 representantes da colônia com o nome de Associação de Assistência aos Imigrantes Japoneses, cujo foco principal era o de oferecer assistência aos imigrantes do pós-guerra, ajudando-os em seu desembarque no Porto de Santos e acolhendo os membros fragilizados na Casa do Imigrante. Alguns anos mais tarde, a instituição estendeu o serviço assistencial àqueles que enfrentavam dificuldades diversas e também passou a oferecer assistência médica por intermédio de um consultório em São Paulo e da Assistência Médica Móvel (Junkai), a partir de 1960. Em 1972, a denominação foi alterada para Beneficência Nipo-Brasileira de São Paulo. A Beneficência, também conhecida por Enkyo, foi crescendo sempre atenta às necessidades ditadas pelas mudanças sociais e, graças ao apoio e colaboração de inúmeras pessoas físicas e jurídicas seja pelo trabalho voluntário ou por doações, se tornou referência na comunidade pela qualidade de seu trabalho na área da saúde e de assistência social.